SMP Negeri 2 Kajen pertama berdiri pada tahun 1985 di Gejlik Kecamatan Kajen Kabupaten Pekalongan, merupakan sekolah negeri dibawah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan saat itu, seiring berkembangnya waktu, status SMPN 2 Kajen dibawah Pemerintah Kabupaten Pekalongan sejak adanya otonomi daerah tahun 2000